真菌液體酦酵培養又叫液體深層培養，就是將真菌菌種培植在液體培養基中，保持適當的溫度，并給予充足的無菌空氣使之生長。在液體環境下，質量與熱量傳送都非常有效率，菌絲的生長快速，完成一個生命週期只要七~十天左右。酦酵產物包括菌絲體和酦酵液。酦酵液中有大量的真菌菌絲代謝產物，通常菌絲體和酦酵液二者都有藥用價值。液體深層酦酵培養的過程如下：

斜面試管接菌→搖瓶通氣培養→小型種子槽培養→大型酦酵槽培養→產物回收。液體酦酵時，由于所用培養原料都是可快速吸收的養分，在不斷攪拌之下，微生物很容易利用，因此一旦感染雜菌，就會馬上大量繁殖，從而造成酦酵失敗，所以液體酦酵對無菌操作的要求特別嚴格。